公司章程变更的程序是：

1、首先一般由董事会提出修改建议，提议修改公司章程。

2、公司章程修改属于股东(大)会会议审议事项，要将修改公司章程的提议通知股东。

3、修改公司章程是属于股东(大)会的法定职权，公司章程修改需要股东(大)会来进行决议。

4、修改公司章程需要征得股东的同意。

5、股东大会决议通过的章程变更事项应经主管机关审批的，需报主管机关批准。

6、公司特定章程变更事项应当公告。

7、公司章程变更后，公司董事会应向工商行政管理机关申请变更登记。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》第七十三条

依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。