1、毁灭国家机关公文罪立案标准的规定是：本罪是行为犯，只要行为人实施了毁灭国家机关公文的行为，原则上就构成犯罪，应当立案追究。
2、毁灭公文数量较多的，多次毁灭的，毁灭后进行其他违法活动的，造成较大经济损失的，严重影响国家机关声誉的，等等，是本罪的加重处罚事由。